Tras la creación de la Junta de Andalucía y la transferencia a ella del sistema educativo, la Universidad Laboral de Córdoba se convirtió en un C.E.I. (Centro de Enseñanzas Integradas), dado que en él se impartían a alumnos internos y externo los estudios de Bachillerato, Formación Profesional e Ingeniería Técnica. A finales de los 80 del pasado siglo, la Escuela de Ingenieros Técnicos se integró en la Universidad de Córdoba, dividiéndose y agrupándose los otros dos niveles en dos institutos de enseñanza secundaria. Fue entonces cuando hubo que ponerles nombre.

El de Gran Capitán fue aprobado por unanimidad en un Consejo Escolar del nuevo I.E.S., celebrado en torno a octubre de 1988, a propuesta del profesor del Departamento de Geografía e Historia José Antonio Pérez Guillén, que en ese momento ejercía de Vicedirector. Se barajaron otros nombres de cordobeses ilustres, contemporáneos o del pasado, pero ya los ostentaban otros centros educativos de la provincia.

Gonzalo Fernández de Córdoba (1453-1515), el Gran Capitán, fue un noble militar, nacido en Montilla y criado en Córdoba, que dedicó su vida al servicio de los Reyes Católicos. Alcanzó fama por su valor y dotes de estratega en la Guerra de Granada (1482-1492), y a él le encargaron los reyes las negociaciones de rendición del reinó nazarí con Boabdil, su último rey. Absoluto fue su protagonismo, como capitán general de mar y tierra, en las campañas militares que los Reyes Católicos mantuvieron en el Reino de Nápoles (1501-1504) contra Francia, que deseaba anexionárselo. Reino del que, una vez incorporado a la Corona de Aragón, y por tanto a la Monarquía Española, fue virrey.

Pero la propuesta de su nombre para el nuevo I.E.S. no la fundamentó el citado profesor en sus victorias militares ni en sus reconocidas dotes de excepcional diplomático y estratega con que ha pasado a la Historia (fue el primer en combinar en las ofensivas bélicas la infantería, la caballería y la artillería), sino en otros valores que, en su opinión, seguían estando vigente: la lealtad a sus ideales caballerescos, su alto sentido del honor que le llevaba a cumplir escrupulosamente la palabra dada, su espíritu de esfuerzo y sacrificio que le hacía no rehuir los puestos más peligrosos en las batallas, su preocupación por los soldados a sus órdenes para que estuvieran bien pagados y atendida su alimentación y equipamiento, su benévolo y respetuoso trato a los vencidos, y su interés por la cultura y las letras de acuerdo con el Humanismo que, nacido en Italia, se estaba abriendo paso en Europa.

Además de todo ello, recordó que ese era el nombre del colegio-internado de la antigua Laboral donde ahora residía el nuevo instituto, y que de esta forma se le rendía un homenaje a la labor desempeñada en aquel espacio por los profesores y alumnos que allí les habían antecedido.